Về mô hình cấu trúc, CB-SEM và PLS-SEM đều được sử dụng để xác nhận các mô hình đo lường lý thuyết và các mối quan hệ của mô hình cấu trúc. Khi đánh giá kết quả để xác nhận phép đo lý thuyết và mô hình cấu trúc, sự khác biệt cơ bản giữa hai phương pháp là CB-SEM chỉ sử dụng phương sai chung bắt nguồn từ ma trận hiệp phương sai và kết quả được đánh giá trước tiên trên cơ sở mức độ phù hợp (GOF – goodness of fit ) như CFA, GFI, TLI, và sau đó là khả năng tin cậy, giá trị hội tụ và giá trị phân biệt. Ngược lại, PLS-SEM đưa ra các giải pháp từ tổng phương sai, không phải hiệp phương sai, và do đó không có một thước đo GOF tương tự. Ngoài ra, với PLS-SEM, kết quả đầu tiên được đánh giá dựa trên độ tin cậy, giá trị hội tụ và giá trị phân biệt của các mô hình đo lường, sau đó là khả năng dự đoán của mô hình cấu trúc được đo bằng R2, f2 và Q2.